Trung tâm: 05 trung tâm
1. Trung tâm Ung bướu Chợ Rẫy
2. Trung tâm Đào tạo – Chỉ đạo tuyến
3. Trung tâm Thông tin thuốc và theo dõi phản ứng thuốc có hại của thuốc khu vực TP. HCM
4. Trung tâm Truyền máu Chợ Rẫy
5. Trung tâm Tim mạch
Phòng chức năng: 11 phòng
1. Phòng Hành chính
2. Phòng Tổ chức cán bộ
3. Phòng Kế hoạch tổng hợp
4. Phòng Điều dưỡng
5. Phòng Công nghệ thông tin
6. Phòng Tài chính kế toán
7. Phòng Quản trị
8. Phòng Trang thiết bị y tế
9. Phòng Bảo vệ chính trị nội bộ - Đội bảo vệ
10. Phòng Quản lý chất lượng
11. Phòng công tác xã hội
Đơn vị: 04 đơn vị
1. Đơn vị Quản lý dự án
2. Đơn vị Đối ngoại tiếp thị
3. Đơn vị An toàn bức xạ
4. Đơn vị Dịch vụ
Khoa Lâm sàng: 38 khoa
04 Khoa khám bệnh
1. Khoa Khám bệnh
2. Khoa Khám bệnh II
3. Khoa Chăm sóc sức khỏe theo yêu cầu
4. Khoa Khám xuất cảnh
34 Khoa lâm sàng
1. Khoa Phẫu thuật – gây mê hồi sức
2. Khoa Hồi sức – phẫu thuật tim
3. Khoa Phẫu thuật mạch máu
4. Khoa Hồi sức cấp cứu
5. Khoa Hồi sức ngoại thần kinh
6. Khoa Chấn thương sọ não
7. Khoa Ngoại thần kinh (3B1,3B3, Đơn vị Gamma knife)
8. Khoa Ngoại Tiêu hóa
9. Khoa Gan Mật Tụy
10. Khoa Ngoại Tiết Niệu
11. Khoa Chấn thương chỉnh hình
12. Khoa Tai Mũi họng
13. Khoa Tạo hình thẩm mỹ
14. Khoa Mắt
15. Khoa Ngoại lồng ngực
16. Khoa Nội tim mạch
17. Khoa Tim mạch can thiệp và Đơn vị Nhịp học
18. Khoa Nội phổi
19. Khoa Nội thận
20. Khoa Nội tiêu hóa
21. Khoa Nội thần kinh và Đơn vị Thăm dò chức năng thần kinh
22. Khoa Nội tổng quát (Lầu 9B1)
23. Khoa Nội tổng quát – quốc tế (Lầu 10B1)
24. Khoa Nội tổng quát (Lầu 10B3)
25. Khoa Điều trị theo yêu cầu (T6)
26. Khoa Bệnh nhiệt đới và Đơn vị Chống độc
27. Khoa Nghiên cứu & điều trị viêm gan
28. Khoa Phỏng – tạo hình
29. Khoa Nội tiết và Đơn vị Bàn chân đái tháo đường
30. Khoa Nội cơ xương khớp
31. Khoa Huyết học lâm sàng - Bộ phận Xét nghiệm huyết học và Đơn vị Điều trị trong ngày
32. Khoa Cấp cứu
33. Khoa Thận nhân tạo
34. Khoa Vật lý trị liệu
Khoa Cận lâm sàng: 10 khoa
1. Khoa Sinh hóa
2. Khoa Vi sinh
3. Khoa Chẩn đoán hình ảnh
4. Khoa Giải phẫu bệnh
5. Khoa Nội soi
6. Khoa Siêu âm – Thăm dò chức năng
7. Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn – Bộ phận Tiếp liệu thanh trùng
8. Khoa Dược và Đơn vị Dược lâm sàng
9. Khoa Dinh dưỡng
10. Khoa Y học hạt nhân và Đơn vị PET-CT &Cyclotron